上部过滤系统多做为饲养金鱼或热带鱼来使用。放在 水槽上,用抽水机把水抽上来后,在过滤槽的地方做处理,再使过滤的水落在水槽而产生循环,也叫做马达过滤器, 是很方便的东西。在外国并不常见,但是在使用的人多。只是特别做为饲养海水鱼用时,抽水机马力须加大,而过滤盒必须制得更宽大些。在淡水鱼的饲养上,狭小的滤过室,搭配较弱的抽水机,这样的上部式马达过滤器,就已经很足够了。但是只用这样,对海水鱼而言则有点勉强。可并用前述的「底面式过滤器」,以弥补过滤室的狭小,会产生不错的效果。

在上部过滤器的过滤盒仍然放入过滤用的珊瑚砂。若使用装饰用的细粒砂会立刻把网眼塞住,使通气性、通水性不良,更不能出现许多硝化细菌。