不喜欢底面式过滤器的人,对采用底面过滤器而踌躇,其主要的理由是清扫时很麻烦。这可能是因为没有使用过底面过滤器,或错误的使用方法而产生的误解。认为有水、有鱼在游水、而且底下铺有砂、有装饰物,因为过炉器在下面。所以直觉认为清扫起来一定很辛苦。事实上,谁也不会把水槽当垃圾箱来使用,因此并不会有很不得了的脏污。此外也有使用虹吸式清除棒的简易清扫法(参考部份换水的项目),所以应该重新评估底面过滤器!没有使用底面过滤器的话,水槽底是不可以铺厚砂的。因为紧密不通气,所以就容易变成嫌气性(不适合空气)细菌的巢。

在使用溢流式的水槽时,若无法配置相当大的过滤槽,只要在过滤槽的底板下,呈对角线地安置一支排水管就够用了,可使成效变得很好。底板是底面过滤器的,而溢流式的过滤槽采用过大的话,就想随便地隔开,但是100公分左右的话,就不必要做隔开部份。超过100公分的大过滤槽,若想做隔开部份的话,有做隔开的方法。

而且像这样特大的过滤槽,清扫时把砂扫出是方便的,但不可事先把珊瑚砂放入网或袋子内。水从蚂蚁般的小洞也会漏出。即使把装有珊瑚砂的网或袋放入过滤槽,水也会从空隙流出而无法全部过滤。

常见很多人随便地连接上部过滤器及底面过滤器,因为把水扬升到狭小上部过滤室的是抽水机,所以效率本来微弱而却使底面过滤器也负担加大,即使变成双重过滤,但这个一加一,也无法变成二的。所以在上部过滤器及底面过滤器的连接上,必须多加考虑及评估。